三、灵魂与感知觉
灵魂这个概念虽然按照波菲利的安排，主要放在第四卷进行讨论。，但是在一开始，灵魂这个概念就被提出来了。普罗提诺说道，“首先，我们必须思考灵魂问题”（Enneads 1.1.2）。灵魂本身的性质，以及它和躯体之间的关系都是普罗提诺的考虑部分。为了了解这一部分，我们必须要深入阅读《九章集》的第四卷。虽然波菲利的编排给了我们某种阅读的方法，但是，如果我们仔细观察普罗提诺的写作顺序，我们则会发现论灵魂问题的难点与论感知觉和记忆实际上反而是最后写的。也就是说这两篇文章更加具有总结性的特点。前面的几篇都是会有一个非常具体的问题来讨论的。并且，通过这个布局我们会发现，普罗提诺在很多问题上，会反复强调同一个观点。这也是为什么黑格尔会说，“普罗提诺从特殊的开始，说来说去总是不断地回到同一的根本观念上”[ 黑格尔，《哲学史讲演录（第三卷）》，贺麟 王太庆等译，上海：上海人民出版社，2013年，第179页]。
按照写作顺序，普罗提诺首先做出了一个区分，也就是灵魂的本质部分是存在于可理智世界而不是可感知的世界（Enneads 4.3.1）。但是世界灵魂（World-Soul）和个体灵魂（the souls of individuals）是专注于躯体的（Enneads 4.3.2）。也就是说，虽然前者高于后者，但是世界灵魂和个体灵魂都是处在同一个等级之中，。在可理智世界中的灵魂是没有形体的，但是进入到可感知的形体之中，就因为形体而相互分离。但是灵魂依旧在它那一部分保存了整体的本性。即使在下界，灵魂不仅是可分，而且也是不可分的，因为灵魂的可分部分是以不可分的方式被划分的。因为灵魂把自身赋予整个形体，就它是把整体给予整体而言，它是不可分割的：但就它呈现于形体的各个部分之中而言，它又是分离的。普罗提诺自己这样写道，“所有的灵魂都是来自于这个一，它们的上边紧靠着这个一，然后直冲下来，就像光，一旦到达地面，就分洒到各家各户，但它自身没有分开，仍然是完整的一”（Enneads 4.3.4）。
这一点，我们同样可以在第四卷的开头看到，“灵魂必是这样一种本性，它不同于完全不可分的事物，也不同于完全可分的事物，而是如我们所描述的，两者兼而有之”（Enneads 4.1.2）。“灵魂既是一也是多，既是可分的，也是不可分的。我们不能因为既是一又是同的事物不可能存在于许多地方，就不相信这样的灵魂论”（Enneads 4.1.2）。在这里，普罗提诺表达出了某种不可知论，或者说，对于神秘的崇敬。在普罗提诺看来，由于我们自身层次的问题，导致我们有时候无法通过我们自身的推理理解真理，但是这并不是真理错了，而是我们的推理错了。普罗提诺举例，部分和整体的关系是学科和定理之间的关系——每个定理都潜能地包含整个学科，而学科任然是完整的整体（具体参见Enneads 4.3.2）。
由此可见，普罗提诺的灵魂概念实际上是非常复杂的。在不同的视野下，灵魂展现出来的面貌是不同的。矛盾律在普罗提诺的逻辑下，似乎失效了。同时，在灵魂和躯体的关系上，普罗提诺也反对斯多亚学派的说法。他认为“水火气土这些东西都是无生命的，无生命的东西是不可能产生出来生命的”（Enneads 4.7.2)。灵魂与躯体的关系“就如同形式和质料或者使用者和工具的关系”（Enneads 4.7.1)。简单地说，就是对于使用者而言，工具可以坏掉，但是使用者本身是没有收到损害的。“讨论这两者的混合，就如同谈论绳子和白色的混合，因为这是在讨论两种不同事物的混合”（Enneads 1.1.4)。所以灵魂虽然进入到身体之中，但是完全有可能不受到其感受的影响。
灵魂并不是像一般人理解的那样，存在于身体之中，恰恰相反，应该是躯体处在灵魂之中。“它（指躯体）是被主宰的，不是主宰者，，它是被拥有的，不是拥有者。灵魂把宇宙支撑起来，宇宙在灵魂里，没有任何事物不分有灵魂。这就如同一张浸在水里的网是有生命的，但不能使自己成为它所在的事物”（Enneads 4.3.9）。而正是灵魂和躯体的这种复杂关系，使得“人站在了两个世界的边界上，即可感知世界和可理智世界”[ Edited by David Furley, Routledge History of Philosophy Volume ⅡFrom Aristotle to Augustine, published by Routledge，1999，p373]。而在这时，感知觉（Sense-Perception）就成为了连接两个世界的桥梁。
关于感知觉，在普罗提诺看来，实际上和记忆是一回事情。“感知觉和记忆应该是同一论证的两个方面”（Enneads 4.6.1）。当普罗提诺强化了灵魂和躯体之间区别的时候，他必须解释我们的记忆为何会产生，并且这一机制是如何触发的。也正是在这个意义上，记忆和感知觉被纳入到同一个问题中进行讨论。并不是感知觉在灵魂上留下了印记，相反，是通过灵魂的向外活动，产生了感知觉。“灵魂具有这样一种能力，它自身不接受任何事物，却能够对他所没有的事物产生感知觉”（Enneads 4.6.3）。因为，“它们只是图像，所以它们无法看到自身存在的基础和必要的条件”[ Edited by David Furley, Routledge History of Philosophy Volume ⅡFrom Aristotle to Augustine, published by Routledge，1999，p374]。
简而言之，感知觉是灵魂的一种外化，在系统的等级上是低于灵魂的。所以感知觉的变化，不会影响到灵魂本身。这一点，和灵魂不会影响到太一的自足性是一样。并且，感知觉包含了一种对外在事物进行判断的能力，但是他所看到的只是可感知世界，是一种图像，也正是在这意义它本身是晦暗不明的。所以，我们在可感知的世界，看到的并不是真实的存在。普罗提诺举了《奥德赛》中赫拉克勒斯影子的故事（Enneads 4.3.27），赫拉克勒斯本人已经上升到了奥林匹斯山上，并且，它甚至会鄙夷地抛弃关于它刚刚过去的生命的这些记忆中的某一些，并且最终遗忘这些事情，达到独立自存。