VC6.0放在虚拟机上的，很久没用现在虚拟机不能启动了.....
就简单的说说思路吧
你这个应该用二维数组的好，sum[50][6]; 分别对应员工工号和员工应发的对应币种个数
币种个数算法就是写的那个就行了，不过得稍微改改
printf("请输入员工工号，以零结束:");
while(scanf("%d",&y),y)
{
printf（“请输入员工资：”）
scanf("%d", &x)；
sum[y][0] += x / 100;
x %= 100;
sum[y][1] += x / 50;
x %= 50;
sum[y][2] += x / 10;
x %= 10;
sum[y][3] += x / 5;
x %= 5;
sum[y][4] += x / 2;
x %= 2;
sum[y][5] += x;
}
这就把各个员工应付的各币种的个数存储了
然后你再考虑怎么把这些数据存到文件中。这部分具体的我忘了......   你看看书或者请教别人，老师吧
程序得多编，一次两次想通过编译是不现实的.....